Tác dụng phụ thường gặp nhất là đau xương[2] và phản ứng da tại chỗ tiêm.[3] Tác dụng phụ khác bao gồm dị ứng (phát ban toàn cơ thể,[4] khó thở, chóng mặt, sưng miệng hoặc mắt, tim đập nhanh, và đổ mồ hôi), vỡ lách (đôi khi dẫn đến tử vong),[5] xuất huyết phế nang,  hội chứng suy hô hấp cấp, và ho ra máu. Làm nghiêm trọng thêm tình trạng tế bào hồng cầu hình liềm,,một số trường hợp dẫn đến tử vong, có liên quan đến việc sử dụng filgrastim ở bệnh nhân rối loạn tế bào hình liềm.[6]